تجزیه ترانسکریپتوم نخود بومی ایرانی در واکنش به تنش خشکی

Authors

  • اصغر نصراله‌نژاد قمی, علی اصغر
  • تودی, ماهاندر
  • زینلی‌نژاد, خلیل
  • سلطانلو, حسن
  • مهدوی ماشکی, کیوان
  • کومار وارشنی, راجیو
  • یامچی, احمد
Abstract:

Chickpea (Cicer arietinum L.) is one of the most important legumes for human food and plays major roles in soil productivity. This crop is subjected to terminal drought in arid and semi-arid regions such as Iran. Identification of drought-induced genes is necessary not only for understanding molecular mechanisms of drought tolerance, but also is important to develop tolerant crops. In present study, transcriptome profiling of Iranian local kabuli chickpea (Bivanij cultivar) was investigated under drought stress at early flowering stage at International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT). Illumina HiSeq2500 was applied for sequencing the root and the shoot samples under control and stress conditions. A total of 891 and 507 differentially expressed genes (DEGs) were identified in response to the drought stress in the root and the shoot, respectively. Likewise, 760, 376 and 131 DEGs were detected specifically in the root, the shoot and common in both organs, respectively. Gene ontology (GO) analysis revealed several GO terms associated with stress, including response to stimulus and signaling among the DEGs in response to the drought stress. Moreover, major metabolic pathways such as ABA and proline biosynthesis, biosynthesis of secondary metabolites such as flavonoids and phenylpropanoids, carbohydrates and energy metabolisms were identified by KEGG pathway analysis. These findings showed that more drought-related genes and pathways were induced in the root compared to the shoot. Several DEGs particularly those which were functioned as transcription factors (TFs) related to drought responsive genes, can be used for future researches and improving drought tolerant cultivars.  

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

ارزیابی فیزیولوژیکی و مطالعه ترانسکریپتوم گیاه نخود(cicer arientinum)در واکنش به تنش خشکی انتهای فصل

تنش خشکی یکی از چالش های اصلی تولید نخود بوده و بررسی واکنش ژنوتیپ های مختلف به تغییرات رطوبت و تعیین صفات مرتبط با تحمل خشکی یکی از اجزاء اصلی برنامه های اصلاحی این گیاه به شمار می رود. این پژوهش به منظور ارزیابی فیزیولوژیک و درک بهتر اساس مولکولی تحمل خشکی در گیاه نخود تیپ کابلی به اجرا در آمد. ابتدا واکنش ژنوتیپ های مختلف در مواجهه با شیب تنش خشکی اعمال شده از طریق سیستم آبیاری بارانی تک شاخ...

15 صفحه اول

پاسخ‌های زودهنگام ترانسکریپتوم نخود زراعی به تنش سرما

در این مطالعه، پاسخ­های ترانسکریپتوم دو ژنوتیپ نخود متحمل (Sel96th11439) و حساس ILC533)) به تنش سرمای کوتاه مدت (چهار درجه سانتی­گراد پس از 24 ساعت)، به کمک روش RNA-seq بررسی شد. تحت تنش سرما، محتوی پراکسید هیدروژن، پراکسیداسیون چربی­های غشا و نشت الکترولیتی غشا در گیاهان حساس در مقایسه با گیاهان متحمل، به­طور معنی­داری افزایش یافت. در ژنوتیپ متحمل در مقایسه با گیاهان شاهد (بدون تنش سرما)، 526 ...

full text

واکنش جوانه زنی و رشد گیاهچه به تنش شوری در 24 ژنوتیپ نخود خشک ایرانی

ایرج ال هدادی 1، شهریار دشتی 2∗، حسین عسکری 3، غلامعباس اکبری 1و زینت حاجی هاشمی 4 -1 استادیار گروه زراعت پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران -2 دانشجوی دکتری اکولوژی گیاهان زراعی پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران -3 پژوهشگر موسسه بیوتکنولوژی، کرج -4 دانشجوی کارشناسی ارشد زراعت پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران 87/1/ 86 تاریخ پذیرش: 29 /9/ تاریخ دریافت: 2 چکیده به منظور مطالعه اثرات تنش شوری بر جوان ه...

full text

ارزیابی مقدماتی پاسخ ژنوتیپ‌های ایرانی نخود دسی در واکنش به تنش سرما

در این مطالعه پاسخ‎های القاء شده سرما در یازده ژنوتیپ نخود سیاه تحت شرایط کنترل شده به منظور انتخاب ژنوتیپ متحمل به سرما از طریق اندازه‎گیری شاخص خسارت برگ (Electrolyte Leakage Index) و اکسیداسیون چربی‎های سلولی یا مالون‌دی‎آلدهید (Malondialdehyde) بررسی شد. ژنوتیپ‌های نخود سیاه پاسخ‌های متفاوتی به تیمار دمایی 23 و 10- درجه سانتی‎گراد نشان دادند. تیمار دمایی زیر صفر در 15 دقیقه افزایش معنی‎دار ...

full text

گروه‎بندی شاخص‎های تحمل و واکنش نژادگان‌های نخود تیپ کابلی و دسی نسبت به تنش خشکی

در این بررسی واکنش 64 نژادگان (ژنوتیپ) نخود به تنش خشکی در ایستگاه تحقیقاتی دیم کوهین (دانشگاه تهران) با آزمایشی در قالب طرح لاتیس ساده 8×8 در دو شرایط تنش و بدون تنش ارزیابی شدند. بر پایۀ نتایج به‌دست‌آمده از نظر شاخص‎های واکنش خشکی MP، GMP، HARM، STI، YI، K1STI و K2STI نژادگان شمارۀ 51، از لحاظ شاخص‌های SSI، YSI، YR و RDI، نژادگان شمارۀ 18، از نظر شاخص‌های TOL، ATI، SSPI و DRI نژادگان شمارۀ 1...

full text

ارزیابی مقاومت به تنش خشکی در ژنوتیپ های نخود کابلی

برای بررسی واکنش ژنوتیپ های مختلف نخود نسبت به تنش خشکی و تعیین ژنوتیپ های مقاوم به خشکی، این آزمایش با 18 ژنوتیپ نخود کابلی به همراه دو شاهد حساس به خشکی (9ILC3279) و شاهد محلی جم (جمعا 20 ژنوتیپ) در قالب طرح آماری بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در دو شرایط آبی و دیم در سال زراعی 81-80 در ایستگاه تحقیقات کشاورزی دیم مراغه اجرا شد. برای ارزیابی ژنوتیپ ها ی نخود نسبت به تنش خشکی از شاخص های حس...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 9  issue 24

pages  1- 9

publication date 2018-03

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023